
Стефан держит камень, так как это атрибут его мученической смерти (его побили камнями).

В Новое время думали, что эти необычные обтесанные каменные орудия имеют естественное происхождение, их называли «громовыми камнями, выпущенными из облаков». В источниках такие находки упоминаются с 1500-х годов, таким образом, "Миленский диптих" является самой ранней документацией такой находки.
Исследователи картины сравнили изображенный объект с реальными ашельскими рубилами, найденными во Франции. Совпали очертания, цвет и количество сколов (около 30).

Подробная статья по ссылке (англ. яз.)